Para alterar a porta de um serviço em sistemas Windows, é necessário alterar o ficheiro services localizado na pasta %SYSTEMROOT%\SYSTEM32\DRIVERS\ETC (normalmente c:\windows\system32\drivers\etc).
Por exemplo, precisei alterar a porta do serviço the SNMP. Para o fazer editei o ficheiro c:\windows\system32\drivers\etc\services com o notepad (ou outro editor de texto qualquer) e alterei a linha:
snmp 161/udp #SNMP
para:
snmp porta_que_queres_que_o_serviço_responda/udp #SNMP
Gravei o ficheiro e reiniciei o serviço de SNMP através do services.msc.